在查办无证经营食品案件时，其违法所得不应扣除成本。主要理由如下： 无证经营行为本身不具有合法性，当事人未取得食品生产经营许可即从事相关活动，其投入的成本属于违法成本，依法不应予以保护。依据《食品安全法》第一百二十二条对无证经营行为进行处罚时，违法所得系指当事人实施违法行为所获得的全部收入，无需扣除其所谓的"成本"支出。