2002年，我国原卫生部就颁布《转基因食品卫生管理办法》，但其在2007年颁布的《新资源食品管理办法》发布后被废止。2013年，原卫生部发布的《新食品原料安全性审查管理办法》也明确其不包含转基因食品。直到2017年，我国开始受理审查转基因微生物食用酶制剂申报。按照国家卫生健康委员会和农业农村部联合审查工作的模式，来完成申报审查工作，共有18类、50余种GMM来源的视频加工用酶制剂获批。同样，在2021年开放的转基因微生物食品添加剂新品种也是按照此模式进行的，在2023年共有两个转基因微生物食品添加剂新品种（2’-FL 和LNnT）获批。

2024年9月13日，国家食品安全风险评估中心发布了《关于完善“三新食品”安全性评价资料要求的通知》，对符合“三新食品”申报条件的、生产加工过程中涉及遗传修饰微生物的产品，要求申请人应按照附件要求在新食品原料、食品相关产品新品种申报资料的生产工艺部分，食品添加剂新品种安全性评估资料的生产工艺部分提交相关资料。该通知附件《食品加工用遗传修饰微生物安全性评价申报材料要求（试行）》明确了遗传修饰微生物安全性评价申报的详细材料要求，这也意味着涉及遗传修饰微生物制备的新食品原料、食品添加剂新品种、食品相关产品新品种申报通道正式开启。

《关于完善“三新食品”安全性评价资料要求的通知》的发布除了使此前的申报范围扩大外，也是将技术审批机构集中化，申请人可以直接向国家卫生健康委员会申报，并由国家食品安全风险评估中心承担技术评审工作。这一变化简化了申报流程，缩短了评审周期，提高了评审效率。该通知附件也是明确了申报材料的集体要求，提高了评审的科学性和规范性。