2003年，欧盟委员会制定了(EC)No 1829/2003法规来规范转基因食品和饲料的批准、监管以及标签要求。(EC)No 1829/2003法规中CHAPTER II规定了转基因食品是采用审批上市的方式进行管理，申请批准时按Article 5的要求准备，包括受理时间、申请人的姓名和地址、食物的名称及其规格等内容，针对申请批准要求，欧盟委员会于2013年制定了(EU)No 503/2013条例，细化了(EC)No 1829/2003中Article 5的申报材料要求。

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申请批准简要流程如下：

图1 欧盟转基因食品申请批准流程图

值得注意的是，转基因食品在欧盟审批通过后，授权上市是有有效期的，为10年，在此期间，欧盟食品安全局可根据自身的工作或者申请就这授权是否符合既定的条件提出科学意见，并进一步做出决定是否修改、暂停或者吊销。此外，需在授权有效期期满前1年前向欧盟委员会提出申请。

欧盟委员会会在已批准的新型食品(Novel Food)的来源规格中体现是否为转基因，汇总目前欧盟已批准来自转基因微生物的新型食品(Novel Food)共14个，其中HMOS系列新型食品批准了多种转基因微生物来源，具体如下：

表1 欧盟已批准的转基因微生物来源的新型食品清单

欧盟本着标签是为消费者提供信息便于他们抉择的理念，要求转基因食品是必须进行标识，但食品中转基因含量不高于0.9%的，或转基因物质的出现在技术上不可避免的食品，可以不用标识转基因。转基因物质的出现在技术上不可避免的食品，经营者必须向相关管理部门提交充分的证据，证明其已采取必要措施避免食品中出现转基因物质。

对于转基因食品标识的具体规定如下：

（1）预包装食品

（a）有配料表：如果食品由多种成分组成，则应在配料表中相应成分的名称后以“括号”形式标识“转基因”或“由转基因生产的成分（成分名称）”；如果食品由某一类成分组成，则应在配料表后标识“含转基因（有机生物名称）”或“含有由转基因（有机生物名称）加工而成的（成分名称）”；标识也可以以脚注形式给出，但字体大小与配料表字体一致。

（b）无配料表：如果食品没有配料表，则在产品标签上直接注明“转基因”或“由转基因（有机生物名称）产生的”。

（2）非预包装或包装最大表面积小于102cm的预包装食品

转基因标识必须永久性地和可见地显示在食品展示架上或紧邻食品展示架或包装材料上，字体应足够大，以便于识别和阅读。

对于非转基因食品的标识要求，欧盟是本着在不误导消费者的前提下自愿标识的。