截止到2018年8月，我国共批准八个菌属大类的35种菌种可用于普通食品；两个菌属大类的7种菌种可用于婴幼儿食品。可用于保健食品的真菌菌种11种、益生菌有三个菌属大类的10种菌种。
下文是由中食安信汇总的可用于食品的菌种名单及标示要求，仅供参考。
一、可用于食品中的菌种（普通食品）
二、婴幼儿食品可使用菌种
*仅限用于1岁以上幼儿的食品。
三、保健食品可用真菌菌种
四、保健食品可用益生菌菌种
五、标示要求
（1）根据原卫生部发布的《关于食品中使用菌种标签标示有关问题的复函》（卫办监督函[2013]367号）的规定，预包装食品中使用了上述菌种的，应当按照《预包装食品标签通则》（GB 7718-2011）的要求标注其菌种名称，企业可用时在预包装食品上标注相应菌株号及菌种含量。自2014年1月1日起食品生产企业应当按照以上规定在预包装食品标签上标示相关菌种。2014年1月1日前已生产销售的预包装食品，可继续使用现有标签，在食品保质期内继续销售。（GB 7718-2011问答）
（2）益生菌不属于营养标签标准中规定的营养成分，不应在营养标签的营养成分表中标示，应按照GB 7718的要求客观真实地进行标示。（GB 28050-2011问答）
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